El Instituto Nacional de Rehabilitación "Dra. Adriana Rebaza Flores" Amistad Perú- Japón fue creado el 14 de julio de 1962, en una casona del distrito de San Miguel e inaugurado por el entonces presidente de la República, el Dr. Manuel Prado Ugarteche; siendo la Dra. Adriana Rebaza Flores su fundadora y primera directora por 25 años.

Con la ayuda de la Agencia Internacional para el Desarrollo (AID), del proyecto 108 del Servicio Cooperativo Interamericano de Salud Pública y de benefactores particulares, en setiembre de 1962 comenzó a brindar consulta médica en terapia física, psicología, servicio social, orientación vocacional, confección de prótesis, ortesis y zapatería. A partir de enero de 1963, comienza a realizar adiestramiento a los pacientes en Talleres de Carpintería, Radiotécnica y Costura, ampliándose posteriormente los servicios a Foniatría y Psiquiatría.

Cabe destacar que todos los profesionales de nuestra institución fueron capacitados por el Gobierno Americano, los Partnerts de Texas y la Comisión Fullbright a través de becas e intercambios académicos con profesionales de Estados Unidos y países de América Latina; como Argentina y México. Así, a través de sus profesionales dictaron cursos de diferentes especialidades, manteniendo de esta forma una estrecha relación con el Texas Institute For Rehabilitation and Research de Houston. Posteriormente se crearon las Cátedras de Medicina en Rehabilitación de pre y post grado.

El 08 de julio de 1964, por Decreto Ley Nº 15085, el INR fue declarado de interés público, contando en adelante con personería jurídica y protección del Estado. Más tarde, el 21 enero de 1969 por Decreto Ley N° 17523, Ley Orgánica de Salud, se incorporó al Gobierno Central integrándose a Lima Metropolitana con la denominación "Instituto Nacional de Rehabilitación". En 1971 se trasladó al local Bellavista Callao, antiguo Hospital Naval remodelado por la Asociación Instituto Peruano de Rehabilitación.

El 09 de enero del 2002 por Resolución Ministerial N° 043-2002-SA/DM, es denominado Instituto Nacional de Rehabilitación "Dra. Adriana Rebaza Flores"; en reconocimiento a la fructífera y destacada trayectoria a nivel nacional e internacional de la Dra. Adriana Rebaza Flores, resaltando su labor en el desarrollo de la especialidad de Medicina Física y Rehabilitación y en la atención a personas con discapacidad. Además fue reconocida como fundadora de la institución.

El Reglamento de la Ley N°27657, Ley del Ministerio de Salud, considera al Instituto Nacional de Rehabilitación "Dra. Adriana Rebaza Flores" como Instituto Especializado de Rehabilitación, órgano desconcentrado del Ministerio de Salud. Un componente importante dentro del INR, lo constituye el Departamento de Biomecánica, ahí labora personal técnico altamente calificado en el Perú, como en el extranjero, confeccionando prótesis de miembros superiores y miembros inferiores, ortesis convencionales y no convencionales (collarines, corséts, férulas, soportes termoplásticos, soportes metálicos y calzados ortopédicos) y el servicio de Hospitalización para Lesionados Medulares, únicos del Ministerio de Salud.

Gracias al Acuerdo suscrito en agosto del año 2009 entre los Gobiernos de Perú y Japón, se ejecutó la primera etapa del "Proyecto de Construcción de la Nueva Sede del Instituto". Con la firma de este acuerdo, se materializó una obra largamente anhelada por el INR, en favor de aproximadamente 2 millones cuatrocientos mil peruanos que padecen de alguna discapacidad física, mental o sensorial.

Con Resolución Ministerial Nº 356-2012/MINSA, del 7 de mayo del 2013, se resuelve incorporar a la denominación del Instituto la frase Amistad Perú - Japón, siendo la denominación actual: Instituto Nacional de Rehabilitación "Dra. Adriana Rebaza Flores" Amistad Perú - Japón. Esta importante obra arquitectónica se inauguró el 17 de julio del 2012, dentro del marco de las celebraciones por nuestras Bodas de Oro.

A partir del 03 de setiembre del 2012, se inició en forma progresiva la atención especializada en el nuevo local ubicado en Prolongación Defensores del Morro cdra. 2, en el distrito de Chorrillos.